Os órgãos que asseguram a orientação estratégica da EAUM bem como a sua gestão corrente, são, respetivamente:

Conselho de Escola órgão colegial representativo da EAUM

Presidente
Pedro Bandeira

Representantes dos professores e investigadores doutorados

Paulo Cruz (repres. Lab2PT) 
Bernardo Providência 
Eduardo Fernandes​
Francisco Ferreira​
Ivo Oliveira
​Jorge Correia
Marta Labastida

Representante dos estudantes

Representante do pessoal ​não-​docente e não investigador

Presidente órgão uninominal que superiormente dirige e representa a EAUM. Este pode ser coadjuvado por vice-presidentes, podendo neles delegar as competências necessárias para o adequado funcionamento da Escola

Presidente
Pedro Bandeira

Vice Presidentes
João Cabeleira
​​Marta Labastida

Conselho de Gestão órgão que gere a EAUM e coordena o seu funcionamento

Presidente
Pedro Bandeira

Vice-Presidente​
Marta Labastida

Representante do Lab2PT
Paulo Cruz

Secretária de Escola
Carolina Pires​

Representante do pessoal não-docente e não-investigador​
Ricardo Saraiva 

Conselho Científico órgão que define e superintende a política científica da​ EAUM

Presidente
Pedro Bandeira

Representantes dos professores e investigadores doutorados
Paulo Cruz (repres. Lab2PT)
Bernardo Providência 
Eduardo Fernandes 
Francisco Ferreira
Ivo Oliveira
João Cabeleira Coelho
Jorge Correia
Marta Labastida
Natacha Moutinho
​Rute Carlos
Vincenzo Riso​
​José Capela

Conselho Pedagógico órgão que defin​e e superintende a política pedagógica da EAUM

Presidente
João Cabeleira​

Representantes dos professores e investigadores doutorados
António ​​Bernardo Providência​
Cidália Silva
Ivo Oliveira
Miguel Duarte​
Natacha Moutinho​
Olga Carneiro

​Representantes dos estudantes

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